استفاده از کودها، به ویژه آنهایی که غنی از نیتروژن هستند، به طور قابل توجهی چرخه نیتروژن طبیعی را با افزایش مقدار نیتروژن واکنشی در خاک تغییر می دهد. در حالی که این رشد گیاه و بهره وری کشاورزی را افزایش می دهد، نیتروژن اضافی که گیاهان جذب نمی کنند، می تواند به آب های زیرزمینی به عنوان نیترات یا فرار به بدن های آب، منجر به مشکلات مانند اُترواری و آلودگی آب شود. علاوه بر این، فرآیندهای میکروبی در خاک می توانند نیتروژن اضافی را به گازهایی مانند اکسید نیتریک، یک گاز گلخانه ای قوی تبدیل کنند که در نتیجه بر آب و هوا تأثیر می گذارد. در طول زمان، مصرف بیش از حد کود می تواند تعادل میکروبی خاک را مختل کند و سلامت طولانی مدت خاک را کاهش دهد و مدیریت دقیق برای اکوسیستم های پایدار ضروری است.

منابع