การ ใช้ ปุ๋ย โดย เฉพาะ อย่าง ยิ่ง คน ที่ อุดม ไป ด้วย ไนโตรเจน ทํา ให้ วัฏจักร ของ ไนโตรเจน ตาม ธรรมชาติ เปลี่ยน ไป อย่าง มาก โดย เพิ่ม ปริมาณ ไนโตรเจน ที่ มี ปฏิกิริยา ต่อ ปฏิกิริยา ใน ดิน. แม้ ว่า สิ่ง นี้ ทํา ให้ พืช เจริญ เติบโต และ ผลิตผล ทาง การ เกษตร แต่ ไนโตรเจน มาก เกิน ไป ที่ พืช ไม่ ดูด ซึม เข้า ไป ใน น้ํา จืด ได้ เช่น ไน เตรต หรือ ไหล ออก ไป ใน ร่าง กาย ของ น้ํา ทํา ให้ เกิด ปัญหา ต่าง ๆ เช่น การ ระเหย และ มลพิษ ใน น้ํา. นอก จาก นี้ กระบวนการ ของ จุลินทรีย์ ใน ดิน สามารถ เปลี่ยน ไนโตรเจน มาก เกิน ไป ให้ เป็น ก๊าซ ต่าง ๆ เช่น ไน ตรัส ออกไซด์ ซึ่ง เป็น ก๊าซ เรือน กระจก ที่ มี ฤทธิ์ มาก จึง มี ผล กระทบ ต่อ ภูมิ อากาศ. เมื่อเวลาผ่านไป การใช้ปุ๋ยมากเกินไป สามารถทําลายสมดุลของจุลินทรีย์ดิน และลดสุขภาพดินในระยะยาว.

อ้างอิง